最近はウェブアプリケーション制作を行う際に便利なフレームワークがいろいろあります。
例えば、Laravel（ララベル）だったりCakePHP（ケーク・ピー・エイチ・ピー）だったりRuby on Rails（ルビー・オン・レイルズ）だったりですね。
こういったフレームワークではウェブアプリケーション開発を行う上で必要な機能が体系化して用意されているため、非常に効率よく開発を行うことができます。
しかしながら一方で、既存のウェブサイトにちょっとした機能をつけ足したりする場合には、融通がきかなかったり、機能の割に大がかりな実装になってしまうこともあります。
またフレームワークを使うにあたってもそのフレームワークを構成しているプログラミング言語の知識や実装経験がなければ、既存のシステムの部分的な改修だったり、独自の機能を追加する際には不便なことがあるものと思います。
理想なのはやはり基礎としてプレーンな状態での実装ができた上で、開発効率を上げるためにフレームワークを利用するというスタイルになるのではないかと思います。
比較的一般的な仕様の新規開発の場合は実績あるフレームワークを使って開発をした方が効率がよいかもしれないですね。
また下請けの場合には元請けでの保守もあるのでフレームワークの指定がある場合が多いと思います。